2016年2月1日科技部、财政部、国家税务总局联合颁布《高新技术企业认定管理办法》（国科发火〔2016〕32号），2016年6月29日颁布《高新技术企业认定管理工作指引》（国科发火〔2016〕195号），2016年是实行新认定办法的第一年，在紧张的申报期限和对申报资料的摸索中，2016年度高新技术企业认定工作已全面结束，从目前科技、税务及财政部门前期审查工作来看，今年的高新技术企业认定工作存在以下7大问题： 

1、高新技术企业取消复审，加强年度企业状况审核 
    2016年6月29日颁布《高新技术企业认定管理工作指引》，在通知中明确：原《高新技术企业认定管理工作指引》（国科发火〔2008〕362号）、《关于高新技术企业更名和复审等有关事项的通知》（国科火字〔2011〕123号）同时废止。《高新技术企业认定管理办法》（国科发火〔2016〕32号）第九条：通过认定的高新技术企业，其资格自颁发证书之日起有效期为三年。2016年以后申请的高新技术企业有效期为三年，在三年内满足高新技术企业申报要求可享受税收优惠，应每年5月底前在“高新技术企业认定管理工作网”填报上一年度知识产权、科技人员、研发费用、经营收入等年度发展情况报表。 

    2、财政部门加强了对审计中介机构的审核力度 
    《高新技术企业认定管理工作指引》（国科发火〔2016〕195号）中明确规定：中介机构要具备独立执业资格，成立三年以上，近三年内无不良记录；承担认定工作当年的注册会计师或税务师人数占职工全年月平均人数的比例不低于30%，全年月平均在职职工人数在20人以上。 
    该项审核工作由各地区的财政部门负责，财政部门在审核过程中各地区要求也不尽相同，例如部分地区需要提供中介机构当年的社保清单，退休注册会计师提供退休证书，审核严格的地方还需要进入国家注册会计师网站系统进行数据审核，并提供注协开具的事务所无违章情况说明，但因江苏省注册会计师协会发布文件（苏会协[2016]11号）明确规定：申请开具有关事务所和个人的惩处情况、收入情况、人员情况等证明时，省市注册会计师协会原则上不再出具相关证明。 

    3、税务部门加强对企业财务核算和加计扣除审核情况 
    2015年11月2日，财政部、国家税务总局、科学技术部联合发出《关于完善研究开发费用税前加计扣除政策的通知》（财税〔2015〕119号）要求企业应按照国家财务会计制度要求，对研发支出进行会计处理；同时，对享受加计扣除的研发费用在研发项目立项时应设置研发支出辅助账，准确归集核算当年可加计扣除的各项研发费用实际发生额，研发支出辅助账由企业留存备查。《高新技术企业认定管理工作指引》（国科发火〔2016〕195号）中明确规定：企业应按照“企业年度研究开发费用结构明细表”设置高新技术企业认定专用研究开发费用辅助核算账目，提供相关凭证及明细表，并按本《工作指引》要求进行核算。在此项规定要求企业财务核算清晰，要求有凭有据，并在税务部门检查时，重点检查企业研发费用加计扣除情况，部门企业因准备仓促，申报当年再去规划调整研发项目和经费，造成部分年份未能进行加计扣除，此项税务都要求做出合理解释。 
税务部门不光要求研发费用账内核算规范，还需要企业提供辅助核算明细账作为检查依据，还包括研发费用是否达到比例要求、科技人员占比、高新技术产品（技术服务）收入确认等项目审核。

    4、企业知识产权情况 
    高新技术企业将知识产权进行了分类打分，将发明专利、植物新品种、农作物品种、新药、中药保护品种、集成电路等划为Ⅰ类；实用新型、外观设计、软件著作权等（不含商标）划为Ⅱ类，且Ⅱ类知识产权仅限使用一次。在知识产权评分中Ⅰ类分数占比较大，还考察专利技术的先进性，对主要产品（服务）在技术上发挥核心支持作用，数量，获得方式。 

    5、企业科技成果转化情况 
    新的工作指引对科技成果转化形式做了新的要求，不再是以前光看数量就能拿分，成果转化形式包括：自行投资转化；转让技术成果；许可使用科技成果；共同实施转化；作价投资、折算股份或者出资比例等形式。 
企业要通过编制成果转化汇总表及成果逐项说明将企业科技成果展现在技术专家面前，在此项过程中一定要将成果的核心描写出来，还要将成果与产品的关联性描述清楚。 

    6、企业研发组织管理水平情况 
    新的工作指引将研发组织管理更加精细化，强调实质大于形式，以多种激励方式促进企业研发管理规范。 
    （1）制定了企业研究开发的组织管理制度，建立了研发投入核算体系，编制了研发费用辅助账； 
    （2）设立了内部科学技术研究开发机构并具备相应的科研条件，与国内外研究开发机构开展多种形式产学研合作； 
    （3）建立了科技成果转化的组织实施与激励奖励制度，建立开放式的创新创业平台； 
    （4）建立了科技人员的培养进修、职工技能培训、优秀人才引进，以及人才绩效评价奖励制度。 

    7、企业财务增长情况 
    新的工作指引要求在评审中加入财务专家，主要对企业净资产增长率、销售收入增长率进行综合评价，但在高企申报书中明确填列近三年企业利润总额，在评审过程中，企业是否盈利也会成为评审的一个关键点，另外财务数据是否与企业纳税一致，该项变化极大影响了企业的评分。

来源：高新技术企业认定资讯